日本国土面积的70%是森林，林业合作社在日语中称为“森林组合”。它是由森林所有者自愿组成的互助合作组织，是日本六大合作社之一。截止2011年3月，在市町村(相当于我国的乡镇)层级的基层合作社已有692家，社员157万人，所有森林面积为1101万公顷。

日本林业合作社组织体系是按照行政区划来布局的，在各个市町村，成立基层合作社；在47个都道府县，设立“森林组合联合会”；在全国层面组建“全国森林组合联合会”，即森林组合的三级组织体系。以最具代表性的基层合作社为例，它是林农依据自愿加入自愿退出，民主管理一人一票，集体筹资互帮互助，按股分红与按照交易额分配盈利相结合等合作社原则组织成立的。其主要业务内容包括开展植树造林、木材木炭野菜食用菌的生产和销售、信息服务和森林管理咨询、修护林道和作业道路、接受委托开展森林作业、融资服务等。

森林组合系统是世界上最大的林业合作社集团，之所以取得这样的成绩，其中很重要的原因就是民办与公助的有机结合。“民办”，就是林业所有者按照合作社原则自愿联合、民主管理、民主控制、民主分配，通过全系统的力量实现相互扶助、共同成长与共同富裕。民办的一大主要特征，就是自主和自立，“自主”就是通过社员大会、理事会、监事会等机构的设置和相关制度的落实，保障合作社的以人为本。“自立”就是在实践中建立现代企业制度，实现专业化、规模化、集约化与市场化的完美结合。例如，岩手县森林组合联合会就拥有一支包括土木工程管理师、林业技师、建筑师、环境咨询师等在内的职业管理团队，专业化作业员800余人。“公助”，就是国家公共机关采取各项措施支持森林组合的健康发展。日本先后制订并实施了森林与林业基本法、森林组合法、森林组合合并促进法、造林临时措施法等一系列法律，为森林组合的发展营造了良好的法律环境，并为森林组合承担经济组织与公益组织的双重职能提供了法制保障。目前，日本林业产值在国民生产总值中所占比例不到0.1%，但日本政府对林业的投入并没有减少，预算投资始终保持在政府预算投资的0.9%左右，有力支撑了林业的发展和合作社的运营。