在小农业生产者占相当比重的背景下，通过整合各类涉农资源发展农村合作金融成为缓解农业转型资金困境的现实选择。以1947年颁布实施的《农业协同组合法》为标志，农业协同组合（以下简称农协）在日本全国范围内成立，并成为日本现代农村合作金融的开端。其内生型特征很大程度上是由其依托农协的组织基础决定的。

    独立的层级机构设置。合作金融是内嵌于农协的一个子系统，既依附于农协，同时也是其内部具有独立融资功能的一个部门。共分为3个层级，即市町村、都道府县和全国一级的信用农业协同联合会。3个层级自下而上依次入股生成，坚持“自主经营、自负盈亏、独立核算”的市场原则，基层农村合作金融机构直接面向社员开展信贷等金融服务，层级之间不存在行政隶属关系，上级对下级有管理和服务的责任并在必要时给予其物质支持。

    多元差异化的服务。合作金融与农协的紧密联系使其可以通过整合农协内部资源和政府各项惠农举措，继而以合作金融为媒介向社员提供农业全产业链服务，包括指导农业生产、农产品销售、农用物资购买以及农业保险和信贷等业务。同时，合作金融坚持“需求追随型”的发展战略，依据社员家庭情况、资金需求特点、农业生产的细分属类及其所处阶段来灵活决定是否贷款以及贷款数额，综合考虑各种因素后向社员提供差异化的金融服务。

    完善的风险保障体系。日本农业信贷风险保障体系主要由保证和保险两部分构成，前者包括农业信用基金协会、受托金融机构等其他主体，基金协会由地方政府和农协共同出资设立，为符合条件的贷款申请人提供代偿贷款担保；后者由农林渔业信用基金和全国农协保证中心组成，其中信用基金由中央政府和农林中金等出资设立，对基金协会担保的债务提供保险；保证中心由基金协会、信农联和农林中金等共同出资设立，对基金协会的担保债务提供再保证。