至2015年10月底，全国农民合作社数量达147.9万家，比2014年底增长15.5%；入社农户9997万户，覆盖全国41.7%的农户，各级示范社超过13.5万家。合作社的发展，有效服务和带动了广大小规模农户，在提高农业组织化程度、构建现代农业经营体系中发挥了关键作用，对瞄准市场需求调整农业结构、促进规模经营增加农业效益、推进绿色化生产提高农产品品质、拓宽增收渠道增加农民收入起到了重要作用。各地各有关部门也把发展农民合作社作为深化农村改革发展的重要举措，采取有效措施，加强制度建设，完善扶持政策，强化指导服务，引导合作社规范运行，多方面创新发展。

一是组织形式创新。近年来,合作社在专业合作的基础上出现了以承包土地经营权入股的土地股份合作和集体资产折股量化的社区股份合作。黑龙江“以土地入社为核心、以现代农机为载体、以生产合作为纽带”的合作社发展模式,苏、川、浙等地的劳务合作社及物业合作社等多种组建方式的合作社都蓬勃发展。

二是产业业态创新。合作社在生产销售农产品的基础上,开展多种经营,发展种养循环、产加销一体、手工制品、休闲观光、乡村旅游。从单一的种粮养猪卖产品,拓展到卖服务、卖体验、卖感受,从传统种养业发展到加工、服务、金融等领域,呈现出横向一体化与纵向一体化不断加深的趋势。

三是运行机制创新。有的合作社采取入股、租赁、托管等方式统一经营成员土地；有的聘请职业经理人或专业管理团队负责日常经营；有的运用短信、微信、QQ群等信息化手段进行民主决策；还有的合作社生产基地靠农户、产品销售靠企业、技术服务靠专家,发挥家庭经营、合作经营、企业经营的功能优势,合作社成为了集新型主体与传统农户于一身、融生产与服务为一体的开放载体和复合组织,逐步形成了参与主体多元、利益分配多样、管理决策灵活的运行机制。

四是支持方式创新。有些地方特别是贫困地区,将投给农村的财政资金、项目资金、扶贫资金折股量化到农民个人,以入股的方式投入到合作社,并把财政项目形成的资产转交合作社持有和管护,将国家一次性投入、农民一次性受益转变为财政投资长期保值、农民群众持续受益。