日本农业协同组合(简称农协)是综合合作社的代表，几乎实现了农户都加入的高度组织化程度，其业务与农户的经营和生活密切相关，都由综合农协全权统一实施。农协主要通过系统内合作金融组织来支持合作社的发展，农协内部在县及中央一级设置合作金融和保险机构，为基层农协开展金融支持服务，其贷款主要用于农业或社员的生活资金。

从贷款资金的流向来看，农林中央金库处于最高层级，农业协同组合为最低层级，信用农业协同组合联合会处于中间层级，彼此不存在行政隶属关系，但上级对下级进行管理和服务。针对基层农协和农户合作金融组织的贷款方式主要有3种：一是票据贷款，一般用于一年内的短期贷款，利息一般是预付。二是凭证贷款，一般用于贷款期限在一年以上的长期贷款，利息一般是过后支付。三是活期透支，按照活期储蓄的活期合同、透支合同，若无储蓄余额也允许支付到一定的、不超过合同规定限度的资金，征收与贷款相同的利息。农协在利率方面有不同程度的优惠，但因为农协的贷款利率是以社员的储蓄金为基础的，农协需支付利息给社员，因此采取低于成本的利率势必对合作金融组织不利，针对这方面存在的问题，政府对发放的贷款给予利息补贴。

除了有合作金融组织，也有政策性金融组织给予农协支持。日本政府根据《农林渔业金融公库法》于1953年4月1日出资建立了农林渔业金融机构即农林渔业金融公库，并对其实施财政补贴，主要是为难以从农林中央金库和其他一般金融机构筹资的农林渔业者提供低利率、长期资本，以增加农林渔业的生产力。该公库能根据农业发展的状况和政策不断调整贷款项目，体现出较大的灵活性，它主要负责对农林渔业生产者为了维持和提高生产能力所需的长期资金提供贷款，它的贷款期限长、利率低，为农林渔业生产者提供了很好的金融服务保障。