农业部农村经济体制与经营管理司司长孙中华在基层调研时说，农民专业合作社广泛分布，发挥了重要的组织载体作用。越来越多的农民专业合作社从单纯的技术、信息合作走向共同的实体经营。通过农民专业合作社，为成员统一采购生产资料，统一加工、销售产品，有效解决了单个农户生产经营中办不了、办不好的许多事情，降低了生产成本，提升了农产品附加值。据调查，农民专业合作社成员收入普遍比当地未入社农户收入高出20%以上，有的甚至高出一倍以上。在产业合作的基础上，许多农民专业合作社积极开展资金、保险等方面的互助合作，共同分担生产经营风险，抵御自然和市场风险的能力明显增强。

    农民专业合作社以产业发展带动村容改善、促进乡风和谐，为推动新农村建设，构建和谐农村发挥了重要作用。截至目前，浙江、北京、黑龙江、辽宁、江苏、陕西、湖北、湖南、山东、安徽等10省市已经出台了相应的配套法规或实施办法。

    2003-2009年，各地省级财政安排专项资金达到18.2亿元。这些扶持措施，极大地调动了广大农民群众发展合作社的积极性。中央财政累计安排专项资金达到18.75亿元。扶持了1188个农民专业合作组织。会同发改、科技、财政等6部门印发了关于支持有条件的合作社承担涉农项目的意见，等等。

    但也同样面临各种问题。如合作社所得税、营业税的优惠政策尚未完全明确。一些已出台的优惠政策在一些地方还存在落实不到位的问题，如合作社申购增值税发票困难，影响到合作社产品进入超市销售。相关税收优惠政策应进一步予以明确，政策落实情况也需要加强检查。此外，有些合作社遇到不予登记的难题，如对开展农产品初加工，从事农家乐、编织品生产、农机作业和土肥植保服务，以及实行家庭承包经营的国有农场职工兴办的合作社不予登记，由于有关部门的等级软件系统中没有独立的农民专业合作社序列，想要办理税务两证（国税和地税）登记和组织机构代码证比较困难。如何在国家和地方层面上强化对合作社的指导和服务，是保障合作社健康发展的重要基础。