加入自愿、退出自由，是日本农协组织最基本的原则。凡自愿参加农协的农民和当地非农居民及城市市民，只要交纳股金，遵守农协章程，从事农协事业，就可以成为农协成员。但日本农协成员分“正社员”和“准社员”两种社员构成。

    正社员为国家法律和农协章程所规定的农民及从事农业经营的农事合作社法人；准社员为农民以外的当地非农民身份的居民及城市市民。加入农协的社员除享有利用农协事业权，请求分红、退股等权益外，正社员还有选举权、表决权、请求召开社员大会和请求改选农协干部的权力等。而准社员只能参加农协的合作活动，享有利用农协事业、请求分红、退股等权力，没有选举权和被选举权。社员想要退出农协，只要在事业年度前两个月提出申请即可，并退还全部股金。

　　农协中，正社员占成员总数的比例一般为60%左右，准社员的比例一般占40%左右。如青森县澳洲涞农协（合作社），共有成员4045人，其中正社员2543人，占成员总数的62％；准社员1502人，占成员总数的38％。整个青森县农协的准社员仅占全县农协成员总数的29.69％。但日本全国农协的准社员正在大幅度增加，目前已占日本全国农协成员总数的43.85％。准社员的增加是对农业衰退和工业化完成之后（1973年后），农民人数和农户户数减少以及农村社区“农非混住社会化”的一种对策，也是农协利用扩大非农的生活服务事业来弥补农业事业量萎缩的一种措施。

    社员大会或社员代表大会是农协的最高决策机构，社员大会由全体社员组成。但农协成员中正社员达到500人以上的，才能成立社员代表大会。社员代表由社员大会选出，其数量约在正社员总数的五分之一（正社员人数达到2500人以上的农协，有500人以上的代表即可）。社员代表大会虽然可以替代社员大会决定农协的方针等重大事项，但对于农协的解散、合并事宜，经社员代表大会表决后，还必须经过一定形式的正社员的投票通过后才能生效。