民间金融专家、全国首家农村资金互助社的推动者姜柏林认为，农民专业合作社是谁的组织，这个问题决定着我国社会主义农村发展的方向和道路。《中华人民共和国农民专业合作社法》规定，非农民主体成员可以参加合作社，并且所占比例不得超过成员总数20%。这从法律上，体现了以农民为主体的合作社原则。然而，农民专业合作社并没有从财产制度上，对这一组织的治理结构进行规范，这样会导致农民专业合作社出现异化，本应自治和独立的农民合作经济组织被外部市场主体代替。据有关专家统计，我国到2009年10月末，公司领办合作社占农民专业合作社45%，农村大户领办专业合作社30%，政府部门领办专业合作社20%，真正的农民专业合作社不到5%。

    农民专业合作社异化的原因，概括起来有以下几方面的因素：

    第一，理论上和法律上并没有吸取过去合作社异化的教训。建国初期党领导农民发展三大合作社，即农业生产合作社、供销合作社和农村信用合作社，坚持了以农民为主体办社原则。但由于之后的计划体制，导致三大合作社进行了强制性的制度变迁，农业生产合作社转制成人民公社，农村供销合作社成为国营商业企业，农村信用合作社成为国家银行的组成部分，三大合作异化。而事实上，合作社是谁的组织这个认识问题，在理论方面还没有形成共识，多元主体发展农民合作经济组织的学术观点还很流行。因此，在农民专业合作社立法中，也体现了这种理念。

    第二，农村市场的资本化，加速了合作社的异化。农民小生产与大市场的矛盾如何解决?长期以来我们的政策选择了公司+农户为代表的产业化经营，这就大大加速了农村市场的资本化进程。资本企业为解决交易瓶颈，降低交易成本，追逐农村市场利润，必然要通过设立代理经济人来延伸经济行为。而如何选择农村代理经济人，资本企业就是要抓住农村经济大户，通过合作社的组织形式组织小户，从而完成资本逐利农村市场的服务网络建设，于是农民专业合作社异化成资本企业的经销公司。

    第三，扶持农民专业合作社政策推动了合作社异化。一些资本企业翻牌变成合作社，一方面追逐农户市场利润，一方面打着服务农民的旗帜向国家要项目要扶持；政府部门也要通过农民专业合作社分享国家扶持政策。于是不乏资本企业、政府部门、“大户能人”借农民专业合作社壳“上市”。而实际上这类合作社仍然是商业性组织，和农民是两个利益主体。而真正需要扶持的农民自己的合作组织因规模小或没有游说政府的能力而得不到扶持，国家的扶持政策农民难以受惠，自然就难以发展起来，而资本企业和政府部门则利用农民专业合作社得到国家政策扶持。