为了适应现代农业生产方式以市场为导向的变化、节约市场交易成本、并实行差异化竞争，生产相同农产品的农户主动联合起来进行产品深加工，从而众多以市场为导向的营销流通型合作社便应运而生。它是适应现代农业纵向一体化要求而出现的一种组织创新,也是欧洲农业产业化经营机制的一个创新。

与传统合作社相比，这类合作社具有以下组织和制度上的优势：

首先，新型合作社与传统合作社相比最大的优势在于经营模式方面。新型合作社倾向于产品专业化单一经营，注重对产品开展深加工业务，通过事先与种植户成员合同协定好农产品的数量和种类，之后进行深加工和销售，并创造自己的产品品牌。这就有助于实现纵向一体化的经营模式，让社员分享到增值的收益。而在传统合作社中，产品大多是综合性的，而向社员提供的产前、产中、产后的服务也十分广泛，其结果是产品生产仅仅是注重标准化模式，附加价值不高。

其次，在成员招募方面，大多数新型合作社更倾向于采取有限制性入社的政策。也就是说，合作社不再遵循“入社开放”的原则。而在对成员“自由退出”方面的规定，各国对此有着不同的态度。在相对较少的若干国家，合作社仍然本着“进退自由”的原则，允许成员无限制的自由退出，但大多数国家的合作社已经采取了退社限制性规定。而退社限制规定并没有在实际中阻碍更多的农户加入合作社。

第三，在筹资机制上，新型合作社已经普遍采用出资额与交易额成比例的方式，同时，在利润分配上也遵循同样的比例制。在关于合作社是否可以接受外来投资者的投资问题上，新型合作社在大多数成员国中都采用引入股份制公司筹集资本的做法，允许外来资金投资，扩大合作社的集资范围。但允许外来投资并不必然表明外来投资者拥有合作社的表决权。

第四，在交易机制上，新型合作社成员对合作社的所有权与对合作社的交易权相关联，即农户购买合作社农产品的交易额与出资数额(被视为对合作社的一种投资) 相挂钩。同时规定，成员必须交给与合作社协定的数量与质量相同的农产品。这对合作社承诺达到农产品全年可持续供应的保证是至关重要的。

第五，从合作社的治理模式角度出发，更多的新型合作社采用通过职业经理人来进行对合作社日常管理的专业化治理模式，从而提高了合作社的管理和监督效率。除了少数东欧和南欧国家，合作社允许选举非成员进入理事会和监事会，也允许专业经理人为非成员身份。在决策机制上，逐渐将民主管理的原则与商业化运作实践相结合，开始实行按交易额比例投票，采取将表决权大小与投资额多少相结合的办法。由于治理和运行机制更加灵活化，这对合作社提升经营效率和市场竞争力起到了一定积极作用。

第六，从成员类别角度看，在新型合作社中，由于生产产品的专业性，成员相对更加同质性，成员对合作社的期待也更趋向于一致，成员与合作社之间的沟通也更加紧密，这些都有助于成员对合作社信任感的产生与维持。

第七，对产品质量的创新。新型合作社与传统型合作社相比，明显更加鼓励创新，通过把握消费市场对产品质量的需求变化，直接与种植者沟通信息，在采取价格区别的政策下，种植者因为在新型合作社中可以得到与产品质量相应的更高的产品价格，也会保持其对改进产品质量和创新品种的积极性。这是合作社是否可持续发展壮大的关键因素。