中国社会科学院农村发展研究所所长张晓山认为，合作社发展面临的挑战，一是政府的过度干预。在现行的行政管理体制和干部考核晋升机制的影响下，政府对合作社发展的过度干预而不是恰当扶持的弊端很难消除。有的地方政府为了自己的政绩，定指标、下任务，有的县甚至提出消灭空白村，村村建合作社。但是合作社发展应该和经济发展阶段相适应，是一个水到渠成、因势利导的过程。在这个过程中，政府应该对农村专业合作社不干扰，起到“催化剂”的作用，尤其要防止定指标、下任务，拔苗助长。合作社的发展，应以农民自愿、经济发展需要、政府鼓励、引导，但不能干预。二是农村信用合作的缺失。农村信用合作的缺失是合作社发展的最大制约。世界各国农村金融发展的实践证明，在多元化、竞争性的农村金融体系中，合作金融应是其中一个重要的组成部分。而没有合作金融的支持，中国的农民专业合作社也很难发展壮大起来。农业中的适度规模经营正在形成，但配套的金融政策没有跟上来。

    在合作社发展过程中有以下一些观点：第一，根据当前的现实社会经济情况，在农业产业化经营中，“龙头企业+以专业农户为主体的农民专业合作社”是当前发展现代农业、增加农民（初级产品生产者）收入的可行的和现实的途径。没有合作社企业家，就没有成功的合作社。第二，对外来的工商企业，试图进入合作社或领办合作社，圈钱圈地、套取优惠政策，一定要保持警惕，防止侵犯农民社员的利益和败坏合作社形象的事件发生。第三，农民在合作社中的经济利益是否能得到维护，民主权利能否得到保障，他们获取的剩余能否增加，合作社的资产所有权、控制决策权和收益权是否能主要由他们拥有，这应是农民专业合作社未来走向健康与否的试金石，而这也必须由实践来检验。