中华全国供销合作总社副主任李春生在介绍国务院40号文件出台的背景和起草过程时指出，《国务院关于解决当前供销合作社几个突出问题的通知》（国发[1999]5号）下发10年来，全系统认真贯彻落实国务院的决策部署，完成了文件确定的重点任务，整体面貌发生了显著变化，改革发展进入了一个新的历史阶段。

    2008年1月，总社党组在向回良玉副总理汇报工作时提出，希望国务院能够出台一个关于供销合作社改革发展的文件，建议得到了回良玉副总理的肯定，并指示由中央农村工作领导小组办公室牵头起草。

    随后，总社提出了文件起草筹备方案。3月，成立了由中农办、供销总社牵头，21个部门组成的文件起草组；中农办、供销总社、中研室和国研室等四部门有关同志组成文件起草工作组。

    4月28日，中农办牵头召开了文件起草组第一次全体会议，李成玉主任参加会议并就加快供销合作社改革发展的必要性和紧迫性作了重要讲话；中农办陈锡文主任介绍了起草文件的背景，提出了具体要求。

    经过4个多月的研究协调和对文件修改，文件起草组于8月10日向回良玉副总理报送了文件稿和关于文件起草情况的汇报。温家宝总理、李克强副总理、回良玉副总理、马凯国务委员分别作出重要批示。

    8月24日，中农办陈锡文主任主持召开了文件起草组第二次全体会议，文件起草工作组对“文件征求意见稿”作了说明，并印送各有关部委征求意见。9月，文件起草工作组对反馈的40多条修改意见和建议逐条进行了研究吸收，形成了“文件送审稿”。随后，文件起草工作组起草了“文件送审稿的说明”及关于报请国务院印发《关于加快供销合作社改革发展的若干意见》的请示，经国家发改委与国家有关部委办会签后，于10月10日报送到国务院。

    11月4日，国务院总理温家宝主持召开国务院常务会议，讨论并原则通过了《关于加快供销合作社改革发展的若干意见》。