农业合作社是法国农业生产体系最基本的组织形式，其运行机制主要体现在以下几个方面：

    一、合作社的股份。社员入社时一般都要按照与合作社预期交易量的多少交纳股金。股金不参与分红，但每年可根据全体大会的决定支付一定的利息，利息一般低于同期银行活期利率。

    二、社员的入社与退社。合作社的组建是基于农民的自愿合作。社员入社的程序根据合作社的规模大小而有所区别。规模较小的合作社，社员入社前要填写申请书，由理事会决定是否接纳入社;规模较大的合作社则设分区管委会，申请入社只需征得分区管委会同意后即可到合作社总部办理登记手续，勿需理事会批准。社员退社受到一定限制，有的规定社员5年内不能退社，如果退社则要支付罚金。

    三、合作社的内部机构。社员大会是合作社的权力机构，规模较大的合作社则设立社员代表大会。理事会由社员(代表)大会选举产生，向社员(代表)大会提出年度工作报告和利润分配方案等报告，由社员(代表)大会研究、讨论和表决。合作社表决实行一人一票制，但法律允许合作社根据具体情况，按照社员与合作社的交易量、承担的责任、职务和作用的不同，给予附加表决权，附加表决权不得歪曲“一人一票”的总原则。合作社多数不设监事会，社员的监督权主要通过对理事会年度财务和工作报告发表意见的方式来行使。由理事会聘请的总经理及其工作人员是合作社业务的日常管理机构。

    四、财务制度和盈余分配。合作社有独立的财务制度和核算办法，社员和非社员与合作社的交易必须在财务上分开核算，税收政策也因交易的性质不同而有所区别。

    合作社的盈余分配主要有两部分组成,一是按照社员与合作社的交易额向社员进行盈余返还，二是留作合作社的发展基金。两部分的具体比例一般由理事会提出建议，经社员(代表)大会通过后确定。部分合作社对社员入股的资金也支付一定的利息，利息率也由社员(代表)大会决定，利息列入合作社的经营成本。

    五、合作社的投资。随着规模的扩大和资金实力的增强，合作社希望从事更多的经营业务，因合作社的经营受到与非成员交易不能超过20%的限制，故法律规定合作社和合作社联盟可以投资建立商业公司。在法国，许多大的农业合作社都设立了子公司，子公司属于一般的企业，不受合作社法的限制，可以不受限制地与非社员进行交易。目前法国3500家农业合作社有1500多个子公司，这些子公司与合作社之间的交易完全依照市场规则运行，其获得的利润要交给合作社，由合作社按利润返还原则分配给社员。