日本农协是从赖母子、报德社、产业组合和农业会逐步发展过来的。二战后，日本经济逐渐复苏，日本农业在20世纪50年代到80年代短短三十年间，完成了农业现代化、农村城市化和农业人口非农业化转移的进程，这些巨大的进步离不开日本农协的成立与发展。虽然各时期有不同时代的特征，不过总体看来，日本农协具有很浓厚的东方文化特点。
东方许多国家的农业都是以家庭经营为基本单位，只不过日本农协把各个单位分别组合起来，形成了自下而上十分有效的机构组织：上级对下级进行指导，解决下级之间的矛盾纠纷；下级对上级汇报工作，听从上级的安排指挥。日本农协的以下特点，很好地促进了该组织的有序发展。
一是日本农协有完善的治理模式。日本农协中有许多组织职务，类似于现代企业的模式，其中理事会是由农协成员通过无记名投票的形式选举出来的，其成员是农业协会的高级干部和最高法定代表人，拥有最高权利。监事会负责监督和审查理事会，包括理事会的工作完成情况、完成质量以及是否滥用职权等等。同时，理事会还设有常务董事和专务董事。常务理事协助理事长进行各种工作的开展，专务理事的事务一般具体到专项工作，比如生产生活的细项。截至2018年，日本农协约有23,125个理事。理事会下面一级是参事，他们由理事会选拔出来，相当于公司的总经理，具体落实农协的各个事务。日本农协还会雇佣许多负责各种具体事务的助手和职员来协助其开展工作。因此，日本农业协会的运作非常系统化和制度化。
二是日本农协综合性与专业化。日本农协分为综合农协和专业农协两种类型，而大部分学者和专家所研究的都是综合农协。综合农协囊括了农业生产生活诸多方面，比如本地区中的农业生产、供销、信用等。专业农协一般是指专门经营某一种特定农产品或某一类农业服务所形成的组织。专业农协拥有更精良的管理团队，但由于单一化易受到市场的影响，并且综合农协有时也会与之竞争。因此两种形式的农协组织需要相互合作，从而给农民提供更丰厚的利润和更优质的生产生活服务。
三是日本农协提供了各个环节充足的资金。日本农协的环节包括购买、生产、销售等，并且日本农协中的农业信用协同组合是一个十分完备的资金帮扶机构，帮助农民解决了一系列生产生活资金困难的问题。通过低价购买并转卖给农户原材料等生产物资和生活物资，日本农协减少了购买资金；通过提供贷款帮助农民周转资金，帮助农民开展机械化生产来提高生产效率，日本农协解决了生产资金；通过对农产品的销售进行一定的补助，加上政府对许多农产品销售实行税收减免，日本农协补助了销售资金。保证了农民在各个环节拥有足够资金运转，以维持农业部门“产–加–销”整个产业链的正常运行。
马克思的农业发展理论特别是合作理论对东方小农社会的发展具有积极指导作用。马克思认为，农民个体经济的转型和发展，应当以集体劳动所必需的一切物质为基础，通过机器和合作劳动大规模地组织起来。恩格斯认为，政府可以通过示范作用和组织社会成员对农民给予帮助。斯大林也指出，将个人利益相互结合起来，可以有效提高生产效率。因此，日本农协是一个成功的组织，将农民联合起来，共同创造利益，其成功给东方国家的农业组织提供了许多宝贵的经验。
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