农民专业合作社管理包括两个层面。第一个层面是合作社内部管理。第二个层面是政府对农民专业合作社的服务与管理。就合作社内部管理而言,重点是以规范促发展,进一步完善农民专业合作经济组织内部运行机制。其中主要是完善合作社的法人治理结构和分配机制以及财务管理。

与公司组建和运作不同,农民专业合作社在注册、运行过程中国家在促进其发展时有一定的管理弹性。但是,合作社要保证可持续发展,必须逐步完善法人治理结构。成员大会、理事会、监事会和经理阶层必须在法律框架下坚持分权的基础上追求合作效益。这种1+1>2的效益是吸引农民入社的最根本力量。

鉴于农村合作社是农民社员为获取合作效益而组建的利益共同体,因而重点要解决好利益分配问题,为做到这一点,必须按照2007629日农业部下发的《农民专业合作社示范章程》的基本要求,严格制定、执行章程,坚持按社员与合作社交易量和按股份分配的原则。

合作社应根据本制度规定和会计业务需要,设置会计账簿,配备必要的会计人员。不具备条件的,也可以本着民主、自愿的原则,委托农村经营管理机构或代理记账机构代理记账、核算。

合作社应按财政部颁布的《农民专业合作社财务会计制度》(200811日施行)规定,设置和使用会计科目,登记会计账簿,编制会计报表。合作社要按照《会计档案管理办法》(财会字[1998]32)的规定,加强对会计档案的管理。

建立会计档案室(),实行统一管理,专人负责,做到完整无缺、存放有序、方便查找。

政府对农民专业合作社的服务与管理重点是强化经济上的支持和文化与法律上的扶助。市政府支持发展农业和农村经济的建设项目,可以委托和安排有条件的有关农民专业合作社实施。鼓励商业性金融机构采取多种形式,为农民专业合作社提供金融服务。制定明确的可以量化的农民专业合作社税收优惠政策。